Храм на воді знаходиться зовсім недалеко від того місця, де в 988 році відбувалося таїнство Хрещення над народом стародавнього Києва за князя Володимира.
Незвичайна за своїм розташуванням, красі і одночасно простоті, церковна споруда, виконана в стилі українського нео-барокко, є місцем не тільки церковних богослужінь, але також пам’ятником Хрещенню Русі та загиблим в усі часи річковикам і морякам, які вірою і правдою служили своїй батьківщині.
Сама ідея побудови храму на березі Дніпра не є новою. На початку 19-го століття «Товариство порятунку на воді» побудувало поруч зі своєю пристанню каплицю, освячену на честь Святителя Миколи Чудотворця. Невеликий дерев’яний храм на кам’яному цоколі знаходився на спуску від Поштової площі до берега, поруч з південним крилом нинішнього річкового вокзалу. Простоявши менше 30-ти років, храм був зруйнований більшовиками.
На початку 2000-х років почалася робота над проектом нового храмового споруди. За основу була взята зруйнована в 30-х роках каплиця. Щоб потрапити в новий храм, згідно з проектом, потрібно буде перейти по 15-метровому містку і сам храм буде не маленький, як його дерев’яний попередник, а 27 метрів заввишки цегляна будівля, що нагадує свічку, і прикрашати храм буде восьмигранний купол з хрестом, покриті нітритом титану, що створюють ефект позолоти.
У серпні 2003 року недалеко від річкового вокзалу, на глибині 10 метрів було розчищено і укріплено дно і закладена перша паля. Всього в основу фундаменту храму увійшло 12 залізобетонних паль довжиною 14 метрів. На палях була зведена залізобетонна конструкція, що нагадує ніжку фужера, але дуже міцна, за проектними розрахунками, така будівля витримує величезне навантаження і сейсмічні поштовхи понад 7 балів.
7 липня 2004 року в день святкування Різдва пророка і предтечі Іоана Хрестителя, Митрополитом Київським і всієї України Блаженнішим Володимиром відбулися освячення храму на честь Святителя Миколи Чудотворця.